Rabu, 17 Agustus 2016

Sensor Gas Untuk Mengidentifikasi Bakteri Di Dalam Air

Sensor Gas Untuk Mengidentifikasi Bakteri Di Dalam Air


sensor gas
Peneliti menggunakan gas untuk melihat interaksi antar bakteri di dalam air secara langsung
Credit: Jonathan Silberg and Shelly Cheng/Rice University
      Melihat ekspresi gen atau interaksi antar bakteri secara langsung di dalam habitatnya merupakan tantangan tersendiri karena adanya keterbatasan untuk menganalisa akibat perubahan pada lingkungan seperti matriks air, biomassa, endapan, maupun pengotor lainnya. Selama ini untuk menganalisa bakteri dibutuhkan isolasi dan indentifikasi pada kondisi terkontrol di laboratorium sehingga membutuhkan biaya dan waktu yang tidak sedikit. Selain itu keterbatasan media pertumbuhan masih menjadi kendala untuk bakteri yang tidak dapat ditumbuhkan di laboratorium oleh karena itu sebuah metode dikembangkan untuk melihat interaksi antar bakteri di dalam habitat air dengan menggunakan sensor gas sehingga deteksi dapat dilakukan berdasarkan produksi gas yang dapat diukur.

      Deteksi secara molekuler sel mikroorganisme dapat dilakukan berdasarkan pengukuran warna, fluoresensi sel, dan molekul luminescent yang dapat berubah warna pada paparan cahaya. Pengukuran inilah yang menjadi dasar dari beberapa analisis molekuler seperti DNA sequencing, microchip bioteknologi, maupun spektrofotometri. Keterbatasannya adalah bakteri harus diisolasi dan dibiakkan dalam kondisi laboratium untuk menghindari pengotor yang dapat mempengaruhi hasil pembacaan alat. oleh karena itu gas merupakan alternatif yang dapat digunakan untuk menghindari adanya pengotor ini.

      Peneltian dari Rice University Scientists telah menunjukkan bahwa gas metil halida dapat digunakan sebagai standar untuk mengidentifikasi bakteri secara langsung karena gas ini dihasilkan oleh suatu enzim yang dikode oleh polipeptida tunggal dan ditemukan pada alga, jamur, tumbuhan, maupun pada bakteri seperti Eschericia coli. Enzim ini disebut Methyl Halide transferase (MHT) dimana aktivitasnya adalah mengubah ion halida (Cl, Br, atu I) menjadi metil halida dan S-Adenosil metionin yang merupkan metabolit seluler yang ditemukan didalam sel. Pada percobaannya bakteri E.coli hasil DNA rekombinan berisi plasmid pencode enzim MHT ditransfer ke dalam sampel percobaan kemudian diinkubasi untuk melihat adanya transfer molekuler dari konjugasi bakteri (interaksi bakteri). Pada tahap ini plasmid penkode MHT dari E.coli rekombinan berindah ke dalam sel bakteri lain sehingga akan dihasilkan gas metil halida yang dapat diukur menggunakan GC-MS (kromatografi gas - spektrometri massa).

      Penggunaan gas sebagai sensor untuk melihat interaksi antar bakteri di dalam air masih dalam tahap penelitian dan pengembangan sebelum siap digunakan sebagai metode yang cukup sensitif pada deteksi bakteri di dunia bioteknologi dan agrikultura.
Referensi:
Hsiao-Ying Cheng, Caroline A. Masiello, George N. Bennett, Jonathan J. Silberg. Volatile gas production by methyl halide transferase: anin situreporter of microbial gene expression in soil. Environmental Science & Technology, 2016; DOI: 10.1021/acs.est.6b01415
Sensor Gas Untuk Mengidentifikasi Bakteri Di Dalam Air
4/ 5
Oleh

Berlangganan via email

Suka dengan postingan di atas? Silakan berlangganan postingan terbaru langsung via email.

Lihat Komentar

Untuk menyisipkan kode pendek, gunakan <i rel="code"> ... KODE ... </i>
Untuk menyisipkan kode panjang, gunakan <i rel="pre"> ... KODE ... </i>
Untuk menyisipkan gambar, gunakan <i rel="image"> ... URL GAMBAR ... </i>